Occurrence dataset Registered March 07, 2013
Herbario Amazónico Colombiano Dairon Cárdenas López
Description
Colección biológica del Herbario Amazónico Colombiano COAH, perteneciente al Instituto Amazónico de Investigaciones Científicas SINCHI y que se encuentra registrado ante el Registro Nacional de Colecciones desde el 28 de marzo de 2001. Los registros han sido colectados desde el año 1856 hasta el año 2024, abarcando toda la región amazónica, cubriendo 5 países en total con un 99% de los registros en Colombia.
Este recurso cuenta a la fecha con 113.923 registros de plantas, pertenecientes a 239 familias, abarcando plantas vasculares y no vasculares. Un 89% se encuentra clasificado a nivel de especie, 9% a nivel de género y 2% a nivel de familia. Se incluyen 244 secuencias de ADN asociadas a 244 registros.
Geographic scope
- Description
Datos de colección de la cuenca amazónica en 5 países: Colombia (113.167), Perú (385), Brasil (227), Ecuador (85) y Venezuela (59).
- Latitude
- From -10.35 to 5.3
- Longitude
- From -76.79 to -57.5
Temporal scope
- range
- February 11, 1856 - June 20, 2024
Taxonomic scope
- Description
La colección Herbario Amazónico Colombiano se encuentra organizada filogenéticamente bajo el sistema de Cronquist, A. 1981, esta colección cuenta con cerca de 120.000 ejemplares de plantas vasculares y 7.500 de plantas no vasculares catalogados.
De la totalidad de plantas vasculares, el 99% cuenta con determinación taxonómica hasta el nivel de familia, el 98% hasta género y el 84% hasta especie.
Mientras que del total de plantas no vasculares, el 90% cuentan con determinación a familia, el 85% determinación hasta género y el 62% determinación hasta especie.
- Coverage
- AcanthaceaeActinidiaceaeAgavaceaeAlismataceaeAmaranthaceae
Methodology
- Sampling
No hay una metodología de muestreo dado que se trata de inventarios especialmente en áreas en donde hay vacíos de información.
- Study extent
Cuenca Amazónica Colombiana, aunque también se tiene información de la cuenca completa.
- Quality control
Hay un proceso desde la colecta en campo hasta la publicación de los datos y cada uno tiene un control de calidad. En el proceso de estructuración y validación de los datos, se realizó el control de la calidad de la información proporcionada por COAH. A continuación, se enumeran los procesos asociados a esta actividad: 1. Revisión de la información documentada asociada a los datos biológicos; 2. Estructuración de los datos en el estándar Darwin Core (DwC) según elementos, definiciones y vocabularios controlados; 3. Unificar el conjunto de datos ya publicado con los nuevos registros suministrados; 4. Validación y limpieza de la información consignada en el DwC, 4.1. Corrección de errores de tipeo, para esta tarea se usó OpenRefine, adicionalmente se identificaron datos erróneos como sinonimias, con el uso de la API de GBIF para validación taxonómica https://github.com/SIB-Colombia/data-quality-open-refine/blob/master/ValTaxonomicAPIGBIF_ValTaxonomicaAPIGBIF.txt, complementado con la información encontrada en tropicos https://www.tropicos.org/home y el catalogo de plantas y líquenes de Colombia https://ipt.biodiversidad.co/sib/resource?r=catalogo_plantas_liquenes 4.2. Se realizó la conversión de las fechas, acorde a lo exigido en el estándar, 4.3. Se llevó a cabo la visualización de las coordenadas para su validación utilizando el proyecto de QGIS https://sib-colombia.github.io/Formacion/LAB/lab02/lab_valCoord.html del SiB Colombia y http://iobis.github.io/plotter/; 5. Finalmente, la base datos DwC se validó haciendo uso del Validador de datos - GBIF.
- Method steps
Esta metodología esta de acuerdo con el Proceso de Colecciones definido para la Gestión de Calidad.
COLECTA Y PROCESAMIENTO DE EJEMPLARES BOTANICOS: La colección de las muestras botánicas se realiza en campo. Las cuales se prensan y numeran y a su vez en el cuaderno de campo se realiza la descripción de cada ejemplar con el número de colección, las muestras son alcoholizadas y enviadas como embalaje al Herbario Amazónico Colombiano COAH en Bogotá. Una vez en Bogotá, el material se coloca en el horno especializado para su deshidratación, a 80°C durante 12 horas, las muestras se separan con láminas de aluminio y cartón. Paralelamente, los datos de campo del cuaderno se digitan en un formato de fichas técnicas, éstas fichas una vez impresas se ingresan en cada una de las muestras botánicas ya secas. Con este paso se realiza una corroboración de ejemplares disecados frente al cuaderno de campo y sus datos.
IDENTIFICACIÓN DEL MATERIAL Y SELECCIÓN PARA MONTAJE: Las colecciones botánicas secas se determinan taxonómicamente mediante comparación con la colección general del Herbario y con la ayuda de claves taxonómicas especializadas. Posteriormente se selecciona el material que va a ser montado, el cual se almacena en el taller de montaje.
MONTAJE, SELLADO Y NUMERACIÓN DE EJEMPLARES BOTÁNICOS: Los ejemplares botánicos identificados taxonómicamente que están en buen estado y tienen alguna estructura fértil (flor o fruto) son montados en cartulina (cosidos y pegados), a cada ejemplar montado se le asigna un número de herbario consecutivo. Se almacenan en el taller para ser enviados a digitación.
INGRESO A LA BASE DE DATOS: La información de cada ejemplar montado (ficha técnica y número de herbario único) se verifica e ingresa a la base datos conforme a "Serie de estándares para la gestión de información sobre biodiversidad en Colombia" (Suárez 2007). Se ingresa al congelador y son refrigerados por 24 horas, luego se almacena el sarcófago para clasificarlo e incorporado a la colección.
INGRESO A LA COLECCIÓN: Una vez la información del ejemplar ha ingresado a la base de datos, cada ejemplar es incluido en la colección física del Herbario en la carpeta de acuerdo con el taxón correspondiente.
FOTOGRAFIAS DE LA ESPECIE: Se selecciona un ejemplar representativo de la especie del cual se toma una fotografía digital, la cual se edita con las características definidas (600 x 800 pixeles) y posteriormente se copia al servidor en la carpeta correspondiente.
PUBLICACION DE EJEMPLARES EN EL HERBARIO VIRTUAL: La información que ingresa a la base de datos se actualiza en el servidor web (Herbario Virtual) y se verifica, de acuerdo con el manual de usuario de la aplicación Herbario Virtual, cada seis meses se actualiza la información en el IPT SINCHI.
Metrics
Additional info
Contacts
- Organization
- Instituto Amazónico de Investigaciones Científicas
- Position
- Curador – Director Herbario Amazónico Colombiano – COAH
- Address
- Calle 20 #5-44
- Roles
- Originator
Administrative point of contact - Phone
- User ID
- Organization
- Instituto Amazónico de Investigaciones Científicas
- Position
- Investigadora
- Address
- Calle 20 #5-44
- Roles
- Originator
Metadata author - Phone
- User ID
- Organization
- Instituto Amazónico de Investigaciones Científicas
- Position
- Investigador
- Address
- Calle 20 #5-44
- Roles
- Originator
- User ID
- Organization
- Instituto Amazónico de Investigaciones Científicas Sinchi
- Position
- Directora General
- Address
- Calle 20 # 5 - 44
- Roles
- Custodian steward
- Phone
- Organization
- SiB Colombia
- Position
- Contratista
- Roles
- Processor
- User ID
GBIF registration
- Registration date
- March 07, 2013
- Metadata last modified
- February 21, 2025
- Publication date
- February 21, 2025
- Hosted by
- Instituto Amazónico de Investigaciones Científicas - SINCHI
- Installation
- IPT SINCHI
- Endpoints
- Darwin Core Archive
- EML
- Preferred identifier
- 10.15472/l7odt1
- Alternative identifiers