Occurrence dataset Registered October 29, 2024
Plastisfera en aguas de Magdalena en el Caribe colombiano
Description
La información recopilada en este recurso tenía el objetivo caracterizar la comunidad microbiana hallada sobre el plástico, así como las comunidades microbiana en el medio acuático. Se recolectaron microplásticos de tamaños superiores a 1.4 mm y muestras del agua circundante en estaciones de los sectores Magdalena y Sinú en las épocas seca y lluviosa de los años 2022 y 2023, de estos se obtuvo la información de 325.465 secuencias de microrganismos agrupados en 6.907 registros.
Geographic scope
- Description
Comprende el norte y centro del Caribe colombiano, delimitando dos sectores de muestreo, donde el primero (Magdalena) se encuentra entre los municipios de Santa Marta (11°13'26.10" N; 74°14'24.50" W) y Tubará (10°54'0.80" N; 75° 7'53.50" W) en jurisdicción de los departamentos de Magdalena y Atlántico, y el segundo (Sinú) se encuentra entre los municipios de Coveñas (9°25'0.40" N; 75°37'31.10" W) y San Bernardo del Viento (9°25'29.60" N; 76° 4'56.80" W) en jurisdicción de los departamentos de Sucre y Córdoba.
- Latitude
- From 9.458 to 11.073
- Longitude
- From -74.096 to -73.684
Temporal scope
- range
- September 09, 2022 - September 27, 2022
- range
- April 02, 2023 - April 20, 2023
Taxonomic scope
- Description
Se recopiló la información de 325.465 reads (secuencias) de microrganismos agrupados en 6.907 registros pertenecientes a 2 dominios 72 filos, 156 clases, 373 ordenes, 550 familias y 1.137 géneros identificados mediante metagenómica.
- Coverage
- BacteriaArchea
Methodology
- Sampling
En cada sector de interés se establecieron cinco (5) localidades con tres (3) estaciones en cada una en las que se recolectaron tres réplicas en cada una de las dos épocas climáticas: septiembre de 2022 (época lluviosa) y abril de 2023 (época seca).
- Study extent
Las muestras fueron recolectadas en el Caribe colombiano, el cual hace parte de la provincia tropical del Atlántico, y los sectores de muestreo se localizaron en la ecorregion del suroeste del Caribe (Spalding et al. 2007). Los sectores se eligieron con base en la influencia de los dos ríos principales: el Magdalena y el Sinú. El clima está determinado por el desplazamiento norte-sur de la Zona de Convergencia Intertropical (ZCIT), la cual define dos épocas climáticas principales: lluviosa y seca, ambas con dos fases transicionales, correspondiendo a régimen bimodal (Franco-Herrera, 2005).
La época seca se extiende de diciembre a abril y presenta un máximo de precipitaciones de 9.5 mm junto con una intensificación de la velocidad de los vientos, generando una surgencia estacional y cambios en los patrones de corrientes, mientras que entre mayo y noviembre se da la época lluviosa, donde la precipitación alcanza 256.5 mm con una disminución gradual de la intensidad los vientos (Franco-Herrera, 2005; Bernal et al., 2006; Mancera-Pineda et al., 2013; Ricaurte-Villota y Bastidas-Salamanca, 2017). El sector Sinú se ubica en la región sur del Caribe colombiano, específicamente en el golfo de Morrosquillo, y al igual que Magdalena, está influenciado por la ZCIT, pero en su cada se definen dos peridoos climáticos marcados que obedecen a un régimen unimodal con precipitaciones que no exceden los 50 mm mensuales durante la época seca, pero que llegan hasta 270 mm mensuales entre agosto y noviembre (INVEMAR.Instituo de Investigaciones Marinas y Costeras, 2002).
La variabilidad oceanográfica de ambos sectores se rige por la influencia de los ríos mencionadas: el Magdalena, con caudales máximos de 9287 m3/s en época lluviosa (Ricaurte-Villota y Bastidas-Salamanca, 2017), resulta ser responsable de transportar al mar Caribe cerca de 142 millones de toneladas de sedimentos en suspensión (38 % del Caribe colombiano) (Restrepo-lópez et al., 2015), y el río Sinú que fluye hacia el noroeste con un caudal medio de 400 m3/s , llevando consigo cerca de 3 millones de toneladas de sedimento al año (Ricaurte-Villota y Bastidas-Salamanca, 2017; INVEMAR-Instituo de Investigaciones Marinas y Costeras, 2002).- Quality control
Para evitar contaminación cruzada por partículas en el ambiente, todas las superficies de trabajo y equipos usados fueron limpiados antes de procesar cada estacion con hipoclorito de sodio al 15 % y etanol al 70 %. Se restringió además la entrada del personal al laboratorio y no se empleó aire acondicionado para reducir la circulación del aire.
Durante la extracción de las partículas se emplearon guantes de nitrilo y blanco de control manteniendo una caja de Petri limpia abierta cerca a la muestra trabajada. Estos blancos fueron inspeccionados una vez cada muestra hubiese sido procesada en su totalidad.
Durante todo el proceso se mantuvo un ambiente estéril haciendo uso de mecheros con alcohol al 70 %, con los que las pinzas y agujas de disección fueron esterilizadas frecuentemente. Adicionalmente, se empleó una solución de agua microfiltrada (GF/C 1.2 µm) estéril para lavar cada microplástico antes de ser almacenado.- Method steps
En cada estación se llevaron a cabo arrastres superficiales por triplicado con redes de poro de 250 µm durante 10 min. Una red manta con abertura de boca de 1.11 × 0.38 m y con un paño de 2.0 m de largo se empleó en las estaciones marinas más profundas, mientras que en aquellas más someras (Ciénaga Grande de Santa Marta, La Caimanera y bahía de Cispatá se usí una red bongo de 14 cm de radio con un paño de 90 cm de largo. A cada red se le acoplaron flujómetros calibrados para determinar la distancia recorrida y calcular el volumen filtrado de cada arrastres siguiendo la metodología propuesta por Boltovskoy (1981), considerando la forma y área de la boca de las redes. Al finalizar cada arrastre, los paños fueron lavados con agua de mar filtrada a 30 µm concentrando cada muestra en los copos colectores que fueron enjuagados a su vez con agua microfiltrada (Whatman GF/C de 1.3 µm), para luego transferir la muestra a recipientes de 1 L estériles que se dispusieron en neveras refrigeradas con hielo.
Para comparar el ensamblaje microbianao de los microplásticos (plastísfera) con los microorganismos autóctonos marinos, una muestra de 3 L de agua de mar fue recolectada directamente en cada estación y fue almacenada de la misma forma que los arrastres superficiales.
En el laboratorio se procedió a hacer un tamizaje en húmedo, empleado tamices de 5.0 mm, 1.4 mm y 0.3 mm, cuyo contenido se procesó mediante análisis visual con estereoscopio extrayendo manualmente los microplásticos con pinzas de punta fina de acero inoxidable que se transfirieron a tubos de microcentrífuga de 1.5 mL. Las partículas de microplásticos se separaron por forma siguiendo las categorías propuestas por De Witte et al. (2014) y Kovač-Viršek et al. (2016) que abarcaban fragmentos, filamentos, espumas láminas, gránulos y pélets.
Una vez cuantificada la cantidad de microplásticos por forma, aquellos con un tamaño superior a 1.4 mm fueron agrupados a nivel de sector en cada época climática para posteriormente extraer el ADN bacteriano asociado al plástico. Mientras que las muestras de agua de mar de cada localidad fueron integradas para filtrar 825 mL a través de filtros de policarbonato de 0.22 µm.
El ADN de 861 microplásticos y 15 L de agua de mar filtrada fue extraido con el kit DNeasy Powelyzer Powersoil (Qiagen), el cual emplea el procedimiento de bead-beating (Zettler et al. 2013). Luego de la extracción, las regiones V3-V4 del gen 16s fueron amplificadas usando los primers Bakt_341F y Bark_805R con un protocol estándar de PCR.
El secuenciamiento de metagenómica fue llevdo a cabo en un Illumina MiSeq, obteniendo 300 pares de bases que fueron filtradas con un límite de calidad de Q30, removiendo además singletons y secuencias de menos de 200 pares de bases. seguidamente se empleó MOTHUR v1.48.0 para alinear las secuencias con la base de datos Silva.nr v138, construyendo así las unidades taxonómicas operativas con un 97 % de identidad (Schloss et al., 2009; Quast et al., 2013).
Metrics
Bibliography
- Google ScholarBoltovskoy, D. (1981). Atlas del zooplancton del Atlántico Sudoccidental y métodos de trabajo con el zooplancton marino (No. C/592 S6/1981). Publicación especial del INIDEP (Instituto Nacional de Investigacion y Desarrollo Pesquero). Mar del Plata, 936 pp
- Google ScholarBernal, G., Poveda, G., Rolda ́n, P., Andrade, C., 2006. Patrones de variabilidad de las temperaturas superficiales del mar en la costa Caribe colombiana. Rev. Acad. Colomb. Cienc. Exact. Fis. Nat. 30 (115), 195–208
- Google ScholarDe Witte, B., Devriese, L., Bekaert, K., Hoffman, S., Vandermeersch, G., Cooreman, K., Robbens, J., 2014. Quality assessment of the blue mussel (Mytilus edulis): comparison between commercial and wild types. Mar. Pollut. Bull. 85 (1), 146–155
- Google ScholarFranco-Herrera, A., 2005. Oceanografía de la ensenada de Gaira: El Rodadero, ma ́s que un centro turístico en el Caribe colombiano. Universidad Jorge Tadeo Lozano, Santa Marta, p. 58
- Google ScholarINVEMAR-Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras, 2002. Formulación del Plan de Manejo Integrado de la Unidad Ambiental Costera Estuarina del río Sinú y golfo de Morrosquillo. Caribe colombiano, p. 802
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- Registration date
- October 29, 2024
- Metadata last modified
- March 04, 2025
- Publication date
- March 04, 2025
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- Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras - Invemar
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