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    Specimen Feb 23, 2022

    Pinnularia divergens

    EcuadorAzuayCuencaVictoria Del Portete (Irquis)
    Rio Tarqui
    Sequenced

    Record

    Dataset
    DIATOMEAS COMO BIOINDICADORAS DE DOS ECOSISTEMAS LÓTICOS DE LA PROVINCIA DEL AZUAY
    Basis of record
    Preserved specimen

    Taxon

    Scientific name
    Pinnularia divergens
    Kingdom
    Chromista
    Phylum
    Bacillariophyta
    Class
    Bacillariophyceae
    Order
    Naviculales
    Family
    Pinnulariaceae
    Genus
    Pinnularia
    Rank
    Especie
    Vernacular name
    Diatomea
    GBIF Backbone Taxonomy

    Pinnularia divergens W.Smith, 1853

    KingdomChromistaPhylumOchrophytaClassBacillariophyceaeOrderNaviculalesFamilyPinnulariaceaeGenusPinnulariaSpeciesPinnularia divergens
    Catalogue of Life

    Pinnularia divergens W. Sm.

    DomainEukaryotaKingdomChromistaSubkingdomHarosaInfrakingdomHeterokontaPhylumOchrophytaClassBacillariophyceaeSubclassBacillariophycidaeSuperorderBacillariophycanaeOrderNaviculalesFamilyPinnulariaceaeGenusPinnulariaSpeciesPinnularia divergens

    Location

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    Continent
    South America
    Altered
    South America
    original
    Country or area
    Ecuador
    Water body
    Rio Tarqui
    State province
    Azuay
    County
    Cuenca
    Locality
    Rio Tarqui
    Decimal latitude
    -3.08
    Coordinate roundedAltered
    -3.079946207
    original
    Decimal longitude
    -79.08
    Coordinate roundedAltered
    -79.08017414
    original
    Georeference remarks
    Rio
    Verbatim elevation
    2799
    Geodetic datum
    WGS84
    Location according to GADM
    EcuadorAzuayCuencaVictoria Del Portete (Irquis)

    Occurrence

    Occurrence ID
    P1T.139
    Record number
    PMCC-139
    Recorded by
    • Paula Milena Cordero Cueva
    Organism quantity
    7
    Organism quantity type
    Celula
    Sex
    Occurrence status
    Present
    Occurrence status unparsableAltered
    Colectado
    original
    Preparations
    • Congelado
    Event ID
    P1TMETA
    Event date
    2022-02-23
    Sampling protocol
    • Cuadrantes de 2x2
    Sample size value
    4
    Sample size unit
    m2

    Other

    Record licence
    CC BY 4.0
    Altered
    https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
    original
    Owner institution code
    UCACUE
    Institution match none
    Access rights
    https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
    Identifier
    P1T.139
    Rights holder
    UCACUE-Paula Cordero
    GBIF ID
    4120757347

    Preparation

    Preparation type
    ADN Metagenomic
    Prepared by
    Jazmin Salazar, Paula Cordero, Allgenetics
    Associated references
    https://www.allgenetics.eu/services/genomics-for-researchers/metagenomics/
    Preparation process
    https://www.allgenetics.eu/services/genomics-for-researchers/metagenomics/
    Preparation materials
    PureLink Microbiome (Thermo Scientific, USA)
    Preparation date
    2022-04-03

    Amplification

    Primer sequence forward
    CCTTCTAATTTACCWACWACTG
    Purification method
    Las muestras fueron homogenizadas y posteriormente, se colectó 10 ml en tubos cónicos. Para concentrar la muestra se centrifugó a 15000 rpm por 10 minutos, el sobrenadante fue descartado. El pellet que se formó se resuspendió en 600?L del Lysis Buffer, volumen empleado para la extracción del DNA siguiendo las instrucciones del protocolo de extracción PureLink Microbiome (Thermo Scientific, USA), modificando la temperatura de incubación a 80°C por 15 minutos. El DNA obtenido fue diluido en 100 ?L Elution Buffer.
    Primer reference link forward
    CCTTCTAATTTACCWACAACAG
    Primer reference link reverse
    https://doi.org/10.1038/srep12924
    Consensus sequence
    TACTTT
    Amplification method
    Vasselon et al., (2017), se amplificaron regiones del gen de la rbcl (marcador cloroplástico)

    Permit

    Permit type
    Contract
    Permit status
    Permiso disponible
    Permit status qualifier
    Contrato Marco de Acceso a los Recursos Genéticos
    Permit text
    MAAE-DBI-CM-2021-0149

    Material sample

    Estimated size
    454 pb
    Volume unit
    µl/ml.
    Volume
    12.5
    Concentration unit
    ng/µl.
    Purification method
    600?L del Lysis Buffer
    Material sample type
    biofilm
    Concentration
    1.25

    DNA derived data

    MIXS:0000002
    Cepillo de dientes, botella de vidrio
    MIXS:0000012
    rio
    MIXS:0001225
    Raspado de rocas del rio.
    MIXS:0001107
    PMCCSp1-P1T139
    MIXS:0000092
    PICIITT19-05
    MIXS:0000033
    sexual
    MIXS:0000044
    rbcL
    dna_sequence
    CATCACTGCTGGTACGATGGAAGAAGTTTACGTACGTGCTAACTATGCAAAATCAGTAGGTTCTGTAATTGTTATGATTGACTTAGTAATGGGTTACACAGCAATTCAAAGTTCTGCTATTTGGGCGCGTAATAACGACATGATCTTACACTTACACCGTGCAGGTAACTCAGCTTACGCTCGTCAAAAAAATCATGGTATTAACTTCCGTGTTATTTGTAAATGGATGCGTATGTCTGGTGTAGATCACATCCACGCTGGTA
    MIXS:0000032
    fototrofic

    Citation

    Please use this citation in publications
    CORDERO P, SALAZAR J (2023). DIATOMEAS COMO BIOINDICADORAS DE DOS ECOSISTEMAS LÓTICOS DE LA PROVINCIA DEL AZUAY. Version 1.5. Universidad Católica de Cuenca. Occurrence dataset https://doi.org/10.60545/o0tlqt accessed via GBIF.org on 2025-09-03. https://gbif.org/occurrence/4120757347
    API access
    Dataset
    DIATOMEAS COMO BIOINDICADORAS DE DOS ECOSISTEMAS LÓTICOS DE LA PROVINCIA DEL AZUAY
    Publisher
    Universidad Católica de Cuenca
    Last crawled
    2025-06-28T23:05:17.420