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    Specimen Apr 17 – 20, 2023

    Sedimentisphaerales

    ColombiaMagdalenaSanta Marta
    Muestreo durante 4 días en estaciones delimitadas por la isóbata de los 30 metros de profundidad ubicadas desde El Rodadero hasta el costado oeste del Golfo de Salamanca, incluyendo además puntos en el norte de la Ciénaga Grande de Santa Marta
    Sequenced

    Record

    Dataset
    Plastisfera en aguas de Magdalena en el Caribe colombiano
    Basis of record
    Material sample

    Taxon

    Scientific name
    Sedimentisphaerales
    Scientific name ID
    urn:lsid:marinespecies.org:taxname:565456
    Higher classification
    Bacteria | Planctomycetota | Phycisphaerae | Sedimentisphaerales | SG8-4
    Kingdom
    Bacteria
    Phylum
    Planctomycetota
    Class
    Phycisphaerae
    Order
    Sedimentisphaerales
    Family
    SG8-4
    Rank
    Orden
    Taxonomic status
    Válido
    GBIF Backbone Taxonomy

    Phycisphaerae

    KingdomBacteriaPhylumPlanctomycetotaClassPhycisphaerae
    • Scientific name and ID inconsistent
    • Taxon match name and ID ambiguous
    Catalogue of Life

    Phycisphaerae Fukunaga et al., 2010

    DomainBacteriaKingdomPseudomonadatiPhylumPlanctomycetotaClassPhycisphaerae
    • Scientific name and ID inconsistent
    • Taxon match name and ID ambiguous
    Identified by
    • Katherine Bedoya-Urrego
    • Juan Fernando Alzate-Restrepo
    Identified by ID
    • https://orcid.org/0000-0003-2578-4609
    • https://orcid.org/0000-0001-7403-7373
    Date identified
    2023-10-11
    Identification remarks
    Extracción y secuenciación de las regiones V3-V4 del gen 16s rRNA con métodos metagenómicos empleando los primers Bakt_341F y Bakt_805R, clasificando las secuencias con la base de datos 16S Silva (Silva.nr v138) y revisado en GBIF.

    Location

    Location ID
    http://marineregions.org/mrgid/25303
    Higher geography
    • América
    • Sudamérica
    • Colombia
    • Región Caribe
    • Magdalena
    • Santa Marta
    Altered
    América | Sudamérica | Colombia | Región Caribe | Magdalena | Santa Marta
    original
    Continent
    South America
    Altered
    América del Sur
    original
    Country or area
    Colombia
    Water body
    Mar Caribe
    State province
    Magdalena
    County
    Santa Marta
    Locality
    Muestreo durante 4 días en estaciones delimitadas por la isóbata de los 30 metros de profundidad ubicadas desde El Rodadero hasta el costado oeste del Golfo de Salamanca, incluyendo además puntos en el norte de la Ciénaga Grande de Santa Marta
    Location remarks
    Muestras recolectadas en el departamento de Magdalena
    Decimal latitude
    11.073
    Coordinate roundedAltered
    11.07266667
    original
    Decimal longitude
    -73.684
    Coordinate roundedAltered
    -73.68438889
    original
    Coordinate uncertainty in metres
    60,000
    Verbatim coordinate system
    Grados, minutos, segundos
    Verbatim SRS
    WGS84
    Georeferenced by
    Luis Garzón-Rodríguez
    Georeference remarks
    Se eligió la coordenada de la estación más central dentro de un mustreo en el que se hizo un recorrido de 120 km. La incertidumbre se calculó como la mitad de la distancia recorrida.
    Elevation
    0
    Inferred
    Elevation accuracy
    0
    Inferred
    Depth
    0.5
    Inferred
    Depth accuracy
    0.5
    Inferred
    Verbatim depth
    0 a -1
    Geodetic datum
    WGS84
    Verbatim coordinates
    11°04'21.6'' N, 74°18'56.2'' W
    Coordinate rounded
    Verbatim latitude
    11°04'21.6'' N
    Coordinate rounded
    Verbatim longitude
    74°18'56.2'' W
    Coordinate rounded
    Location according to GADM
    ColombiaMagdalenaSanta Marta
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    Occurrence

    Occurrence ID
    UTADEO:Redes:MAGPSC:OTU-0979
    Record number
    MAGPSC
    Recorded by
    • Luis Garzón-Rodríguez
    Recorded by ID
    • https://orcid.org/0000-0003-3660-9961
    Organism quantity
    1
    Organism quantity type
    DNA sequence reads
    Sex
    Occurrence status
    Present
    Preparations
    • Colecta definitiva: Preparación de muestra microbiológica
    • Extracción de ADN
    Occurrence remarks
    Recolectado a partir de muestras de microplástico
    Event date
    2023-04-17/2023-04-20
    Altered
    2023-04-17/20
    original
    Event time
    05:00:00/17:00:00
    Habitat
    Marino-costero superficial
    Sampling protocol
    • Arrastre superficial
    Sampling effort
    36 arrastres
    Sample size value
    40,439
    Sample size unit
    DNA sequence reads
    Event remarks
    Época seca

    Other

    Record licence
    CC BY-NC 4.0
    Inferred
    Institution code
    Fundación Universidad de Bogotá Jorge Tadeo Lozano (UTadeo)
    Institution match none
    Institution ID
    860.006.848-6
    Institution match none
    Identifier
    UTADEO:Redes:MAGPSC:OTU-0979
    Modified
    2024-07-03
    GBIF ID
    4974574515

    Permit

    Permit type
    Permiso para la recolección de especímenes de especies silvestres
    Permit text
    ANLA:00213:2021:UTADEO
    Permit status
    Permiso vigente

    DNA derived data

    0000014
    water surface[ENVO_01001191]
    0000058
    MOTHUR v1.48.0
    0000001
    6019 cubic meters
    0000045
    V3, V4
    0000087
    Silva.nr v138
    0000044
    16s rRN
    0000050
    MiSeq (Illumina)
    pcr_primer_name_reverse
    Bakt_805R
    occurrenceID
    UTADEO:Redes:MAGPSC:OTU-0979
    pcr_primer_forward
    CCTACGGGNGGCWGCAG
    pcr_primer_name_forward
    Bakt_341F
    pcr_primer_reference
    https://www.arb-silva.de/
    pcr_primer_reverse
    GACTACHVGGGTATCTAATCC

    Citation

    Please use this citation in publications
    Garzón Rodríguez L F, Tigreros Benavides P C, Sanjuan Muñoz A, Franco Herrera A (2025). Plastisfera en aguas de Magdalena en el Caribe colombiano. Version 1.1. Fundación Universidad de Bogotá Jorge Tadeo Lozano. Occurrence dataset https://doi.org/10.15472/pbbeub accessed via GBIF.org on 2025-08-03. https://gbif.org/occurrence/4974574515
    API access
    Dataset
    Plastisfera en aguas de Magdalena en el Caribe colombiano
    Publisher
    Fundación Universidad de Bogotá Jorge Tadeo Lozano
    Last crawled
    2025-07-31T23:02:46.666